Η λίμνη Κάρλα ήταν γνωστή κατά την αρχαιότητα (2.500 π.Χ.) με το όνομα Βοιβηίς. Στα μεσαιωνικά χρόνια η λίμνη άλλαξε όνομα και από Βοιβηίς έγινε Κάρλα, ενώ κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας την αναφέρουν ως Κάρλα Σου ή Κάρλα Γκιόλ. Επίσης από το ντόπιο πληθυσμό αναφέρεται και με το όνομα Βάλτος.
Το 1962 έγινε η αποξήρανση της λίμνης , ενώ πρίν δέκα χρόνια άρχισε η επαναδημιουργία της. Σήμερα η λίμνη Κάρλα προσπαθεί να ανασυντάξει την παλιά της δυναμική με την βοήθεια των πουλιών που χρόνο με τον χρόνο ο πληθυσμός τους μεγαλώνει και σε αριθμό αλλά και σε διαφορετικά είδη.
